Das rund 8.675 ha große FFH Gebiet "Stechlin" liegt im Norden Brandenburgs als Teil des Rheinsberger Beckens zwischen Endmoränen der Weichseleiszeit. Es handelt sich hierbei um ein großes Zungenbecken derEndmoräne der Frankfurter Staffel, welches durch den Sander einer späteren Zwischenstaffel überprägt wurde und zahlreiche Toteisblöcke überdeckte. Durch das Austauen des Toteises im Periglazial entstand eine sehr strukturreiche, kuppige Landschaft, welche heute vor allem durch zahlreiche Klarwasserseen, Wälder und Moore geprägt ist. Das Stechlinseegebiet besitzt aufgrund seiner Größe und Unzerschnittenheit überregionale Bedeutung für den Biotop- und Artenschutz. Insgesamt treten im FFH-Gebiet "Stechlin" 18 verschiedene Lebensraumtypen der FFH-Richtlinie auf, was fast 50% aller in Brandenburg auftretenden Lebensraumtypen sind.

Die Sanderfläche wird im Süden des FFH Gebietes "Stechlin" durch die Fließe Döllnitz und Kleiner Rhin in Richtung Rheinsberg Rhin entwässert. Zur Nutzung der angrenzenden Flächen sind diese Fließe im 19. und 20. Jahrhundert begradigt und eingetieft worden.  Abschnittweise treten vor allem am Kleinen Rhin     Auenwäldern auf. Allerdings sind einige Bereiche des ursprünglichen Auenwaldes durch die Begradigungen vom Fließ abgeschnitten worden, andere wurden zur Gewinnung von landwirtschaftlichen Nutzflächen vollständig gerodet. An der Döllnitz ist im FFH Gebiet Stechlin  fast kein Auenwald mehr vorhanden, obwohl auch hier früher ein bachbegleitender Wald zu finden war. Die Döllnitz ist im Gebiet vollständig überprägt worden und begradigt.

Besondere Bedeutung erlangt das FFH-Gebiet durch mehr als 100 Moorstandorte im Wald mit Torfmoosen und Moorwäldern, die in Teilen in naturnaher Ausprägung erhalten geblieben sind. Allerdings bestehen auch heute noch erhebliche Defizite an diesen Mooren, insbesondere im Einzugsbereich der Fließgewässer Döllnitz und Kleiner Rhin. Aufgrund der hydrogeologischen Situation mit einen überwiegend offenen, unbedeckten Grundwasserleiter, besitzen die Fließe im Süden Gebietes besondere Bedeutung für den Wasserhaushalt auf die angrenzenden Waldlebensraumtypen und Moore. Durch die starke Eintiefung wird der Grundwasserstand großräumig künstlich abgesenkt und beeinflusst somit den Gesamtwasserhaushalt des  südlichen Stechlinseegebietes negativ.