Das FFH-Gebiet „Stepenitz“ liegt in der Prignitz im Nordwesten des Landes Brandenburg. Das Gebiet ist Teil des Mecklenburg-Brandenburgischen Platten- und Hügellandes sowie Bestandteil des Gewässersystems der Elbe. Die Stepenitz entspringt bei Meyenburg und mündet bei Wittenberge in die Elbe. Ihr Einzugsgebiet hat eine Größe von 1.293 km². Das Abflussregime ist durch häufige Hochwasser vor allem im Winterhalbjahr gekennzeichnet. Der Talraum ist zwischen 50-300 m breit und durch Niedermoore über Flusssand sowie Gleye geprägt. Ober- und Mittellauf der Stepenitz bis Perleberg und Abschnitte der Seitenbäche sind durch eine natürliche Auendynamik gekennzeichnet und verfügen über einen hohen Anteil weitgehend unbeeinflusster Gewässerabschnitte. Die im Gewässersystem der Stepenitz siedelnden Lebensgemeinschaften sind für das Land Brandenburg und im europäischen Kontext von hohem ökofaunistischen Wert. Die Stepenitz und ihre Seitenbäche sind bis weit in die Oberläufe ein wertvoller Lebensraum für an Fließgewässer der Forellenregion gebundene Arten wie Bachforelle (Salmo trutta fario), Äsche (Thymallus thymallus), Westgroppe (Cottus gobio), Steinbeißer (Cobitis taenia) und das Bachneunauge (Lampetra planeri). Die Fischfauna zeichnet sich daher mit nachweislich 37 Fischarten durch eine besonders hohe Artenvielfalt aus.

In den Uferbereichen wachsen verschiedene Röhrichtarten. Diese leiten stellenweise zu feuchten Hochstaudenfluren über, die sich entweder in einem schmalen Band am Ufer entlang ziehen oder sich in aufgelassenen Grünlandflächen im Auenbereich befinden. Die Auen sind vor allem in den Mittelläufen durch Quell- und Durchströmungsmoore geprägt, auf denen sich natürlich stockende Waldgesellschaften der Auenwälder befinden. Im Stepenitz-Gebiet kommen Auenwälder noch insgesamt auf mehr als 100 ha Fläche in sehr unterschiedlichen Ausprägungen und Erhaltungszuständen vor. Die Größe der Einzelflächen übersteigt jedoch in der Regel nicht die Größe von 10 ha. Viele Flächen sind nur ca. 0,5 bis 3 ha groß und stark verinselt. Größere Bereiche der ehemaligen Auenwaldflächen nehmen heute Ersatzgesellschaften wie teils intensiv, teils extensiv genutztes Frisch- bis Feuchtwiesen und Grünland oder sich nach Nutzungsauflassung entwickelnde Sukzessionsstadien wie Seggenriede ein.

Insbesondere in den Oberläufen und Mündungsbereichen sind die Fließgewässer abschnittsweise wasserbaulich verändert worden. Frei mäandrierende Abschnitte werden immer wieder durch begradigte und eingetiefte Abschnitte unterbrochen. Flussabwärts der Ortschaft Wolfshagen steigt zudem der Anteil intensiv genutzter landwirtschaftlicher Flächen vor allem am Hauptlauf.